依本會自治規程第二四條第二項之規定，分別就解釋文中的「比例原則」、本會會長是否一律不許由間接選舉產生之問題、以及百分之二十的投票率門檻是否適當等問題，撰寫補充理由書說明如下：
（一）、解釋文中所稱「比例原則」之意義：
學生法官受本會會員之賦託，對於本會各項法規具有最終解釋權。誠然一切司法活動的目的，最主要仍在確定法律秩序的內涵，然而解釋或判決的實效力，並非徒賴軍隊或警察的合法暴力而實現。一般會員對學生法庭活動產物的信服，方是學生法官正當性的穩固來源。因此，判決書或解釋文，其使用之文句應儘量淺顯易懂，以達到可使不具法律背景的大多數會員，在不依賴習法者的幫助下，就能自行了解學生法庭所製作各種書狀的內容。尤其規程解釋文涉及本會根本運作規則，影響範圍具全面性，其解釋理由除考慮詳密、論點堅強外，更應力求降低對讀者所具法學背景的預設，以使一般會員皆能順利讀懂解釋文。
由於臺灣法律實務運作受德國影響甚深，因而日耳曼民族高度概念化、抽象化的思考方式，往往因法學的繼受而表現在法學教育當中。誠然這種思考方式的確具有可使判決精簡化、概念精確化的優點，但另一方面也使得未受高度法學訓練的一般民眾難以看懂法院的判決。德國為解決此種問題，在訴訟制度上採取「律師強制主義」，也就是說，人民欲尋求訴訟途徑之救濟，一定要聘請律師，且聘請律師的費用是算在訴訟費用當中，一旦勝訴可要求敗訴者支付。此外，律師公會訂有律師收費標準，禁止律師漫天要價。由於此項制度的存在，使一般人民可由律師之口來了解充滿法律術語的判決文之意義，人民對法院判決之信賴亦因而成為可能。另外，德國及日本兩民族高度尊重社會規範的民族性，也使得這種抽象化、概念化的判決風格，得以在人民對法律的服從下順利運作。然而，姑且不論我國人民的民族性，就目前高度德國化的法院運作實況而言，在未配合「律師強制主義」的情形下，有過法庭經驗的一般人民對判決內容是否了解尚屬未知，遑論實證調查。但在根本沒有「學生律師」的台大校園中，又欠缺多樣性的大眾傳播媒體，以便能將學生法庭解釋文的要點簡要說明給一般同學的情況下，如果學生法庭的判決書充斥過多的專業術語，將使一般會員對學生法庭的信任感降低，從而本會自治規程中設置本法庭以「解決紛爭」之功能亦無從發揮。
本席認為，大學乃是想像力、創造力激盪的場域，雖然吾人的所有努力皆須站在舊有一切之上，但毋須事事模仿。學生法庭作為台灣法秩序中較不具舊有包袱的獨特機構，並不需要完全遵守現有實務運作方式。英美法系判決書中生活化、通俗化的判決書風格，雖然有篇幅過長的缺點，但淺顯親切的判決文筆可使一般人民皆能了解法律，進而重視法律，從而促使法律的生活化、普及化。亦值得吾人參考。關於本號解釋中，造成違憲結論之重要理由，在於相關條文違反了違憲審查的主要原則之一「比例原則」。誠然該原則不分英美或大陸法系國家，皆已接受並行之有年，在我國法律系學生亦如同常識一般人人熟知。然而對其他非法律系的學生而言，未必能了解「適當性原則」、「必要性原則」、「比例性原則」這些詞語的意涵。在解釋文中詳細說明這些原則的意義，不但可促進非法科學生對解釋理由的了解，也可顯示法官之所以採取這些原則，原因是基於對該理由的確信，而非因為它們是「德國通說」的權威性。故以補充理由書說明「比例原則」之內涵於下：
關於基本權利之限制，目前歐美各國及我國公法界通說皆承認「比例原則」乃審查此類問題之合理原則。例如國內學者陳新民在其所著之「論憲法人民基本權利的限制」（收錄於氏著《憲法基本權利之基本理論》一書，三民書局出版）一文，大法官吳庚在其所著之《行政法之理論與實用》（三民書局出版）第二章第三節第三項「行政法之一般原則」中之敘述，以及林錫堯所著《行政法要義》（法務通訊雜誌社出版）第三章第四節，皆曾提及此一原則。此原則乃是著眼於「目的與手段之關係」，在衡量個人自由與公益時，要求透過該手段所實現之公益必須與所限制之個人自由間具有比例性，又稱為「禁止過分原則」。細部論之又可區分為三個次級原則：
一、「適當性原則」(Grundsatz der Geeignetheit)：此原則要求法律手段必須能達到所欲追求之目的。如適當性欠缺明確，則應以審慎適用被承認的方法及學說可認為係適當者，即為已足。反之，若該手段無法達到預期之目的，則即應否認其合憲性。本號解釋多數意見之所以否認相關規定的合憲性的理由之一，就在於投票率門檻此一規定，事實上難以達到任何目的。如果門檻訂得太高，將使選舉根本不可能有效；如果門檻訂得太低，則只有點綴的功能；但何謂「適當的門檻」，又是見人見智的問題。或許這也是世界各國（包括我國自總統以下各種選舉在內）從未聽聞在選舉制度中設有投票率門檻的原因之一。
二、「必要性原則」(Grundsatz der Erforderlichkeit)：此原則要求當同時存在數種有效方法可資運用時，應採取能使關係人負擔最少之手段（最輕手段）之原則 (Grundsatz des mildesten Mittels)。例如：即使認為驅趕天安門廣場上的學生乃是維持國家秩序所必要，也毋須以坦克車輾壓之。如果投票率門檻的目的可由其他較小侵害的方式（例如得票率門檻）來達成，我們就不應允許由侵害較大的投票率門檻規定之存在。
三、「比例性原則」(Verhältnis-mäßigkeit) 或稱「相當性原則」(Grundsatz der Angenehmheit)：此原則要求當該法律手段所實現之公益，與其對基本權利所造成之限制，兩者間之價值不合比例，亦即所實現之公益小於所限制之人民權利時，則仍應認該手段違憲。
（二）、本會會長是否在任何情況下皆不能由間接選舉產生：
本號解釋文中認為會長選罷法第二十九條第二項無效，可能使人誤以為本會會長無論在任何情況下皆不能由間接選舉產生。然而解釋文所以宣告該條項為無效，是因為該條項所稱「仍無法產生當選人」的情形已因同條第一項第一款無效而失其附立，而非因該條項採取間接選舉的方式。為免因而使人誤認學生法庭採取了全面否定間接選舉的態度，亦或因未以不得舉行間接選舉之理由認為同條第二項無效，而誤認學生法庭認為可任意改採間接選舉的方式，故本席對可採用間接選舉之情形及其所應依據之原則，提出個人看法如下：
本會規程第二十六條具有二種層次之含義：一方面直接選舉的方式構成會員主觀上會務參決權的內涵，此為本號解釋文所採取的意義；另一方面可視為一種學生政府組織運作的制度性規定，要求客觀價值秩序上會長應以直接選舉而非其他方式而選出，此點則本號解釋文理由中未見討論。亦即，本號解釋文雖認為現有會長選罷法投票率門檻的規定抵觸了第二十六條，但此乃指其侵害了會員的直接選舉權而言。由於基本權利並非絕對不能限制，故本號解釋文並未採取無論任何情況下都不能改採間接選舉方式的見解。本席擬從直接選舉作為一種制度性規定的角度，說明當改採間接選舉方式時應遵循之原則及其界限。依現有會長選罷法第二九條第二項規定，若重行選舉後仍無法跨越投票率門檻，則取得票結果前三名者，由學生代表大會依間接選舉方式產生會長當選人。雖然直接選舉與間接選舉何者較優，各國憲政先例及學者間尚無定論，然本會自治規程第二六條明定：「會長由全體會員直接選舉產生之。」已採取了直接選舉方式在本校學生自治之運作環境中，必然較優於間接選舉制度的價值判斷。學生代表大會依一般立法程序制定的會長選罷法在法律位階上低於本會自治規程，卻使得學生代表大會有因而取得選舉會長權力之可能。故此規定存有牴觸本會自治規程第二六條之疑義。
關於此問題，吾人首應了解的是，本會自治規程乃是總統制與內閣制混合的設計。例如本規程之草案起草群領導人黃國鐘，在草案說明文件之「學生憲章特刊」（一九八八年十一月五日出版）第一版的「自治的樂章—《學生會規程草案》漫談」一文中指出：「自治規程第十五條……第十六條……第二十六條……已顧及『學生自治』的本質，在相當範圍內，融合『內閣制』與『總統制』之精髓。」可見得在國內多數學者認為總統制及內閣制應只能採取其一而貫徹其制的環境下，起草人仍認為應作出融合性的設計，是為了「顧及『學生自治』的本質」。由於內閣制憲法基於閣揆應向國會負責的考量，往往規定閣揆必須經過國會行使同意權後方得任命，故本會自治規程在混有內閣制設計的情形下，亦並非完全否定會長有由間接選舉方式產生之可能。
但另一方面，觀諸本會自治規程各條文，可發現最能彰顯本會自治規程中總統制色彩之成分者，即為系爭條文第二六條。精確而論，本會自治規程中關於會長選舉產生方式及行政部門內部運作方式是採取總統制，而在會長與學生代表大會間之監督制衡關係上，則採取內閣制的設計。因此若第二六條直接選舉的原則受到違反，則本會之運作即有可能退化為完全的內閣制運作，不復有任何總統制色彩的危險。本席認為，基於本會自治規程第二六條明定直接選舉制的原則性及優位性，則間接選舉作為一種憲政運作上的「例外」，當欲改行間接選舉時，必須符合對直接選舉制度居於補充地位的「補充性原則」。亦即，實行間接選舉的目的，乃在於補充直接選舉之不足，以貫徹直接選舉之優位性，絕不可因而替代了直接選舉制。故惟有當實行直接選舉陷於不可能的情況（包括有當選無效、選舉無效之事情發生，但客觀上不可能再舉行直接選舉，或在經濟上本會欠缺再一次實行直接選舉之時間、人力、物力等等），或直接選舉運作實況存有重大缺陷，使間接選舉所產生的結果明顯可預期必然優於直接選舉時，方可進行間接選舉。同時，如果間接選舉之候選人限於曾參與直接選舉之候選人，則此時應注意候選人間在直接選舉時的得票差距。
本席認為，間接選舉作為一種例外性的制度，必須能使一般人確信在某種時空環境下必然優於直接選舉制，方能具有合憲性。會長選罷法中第二九條第二項之規定，僅表示立法者認為當直接選舉之投票率未達百分之二十時，直接選舉制出現運作上的正當性危機，但由於並對學生代表大會此時的民主正當性程度作一認定，因此吾人無法直接導出此時學生代表大會間接選舉的民主正當性必然優於投票率不足百分之二十的直接選舉之結論。而且，會長選罷法第二九條第二項之規定，取得票結果前三名作為間接選舉之投票依據，卻未對此三名彼此間得票差距作一限制，如此當第一名與第二、三名之間得票差距過大時，存在有反而得票較少者當選為會長的可能，有違反會員享有平等的選舉權之「票票等值」原則的危險。因此在投票率不足百分之二十時，本席認為不能因而肯認可改採會長選罷法第二九條第二項所稱之間接選舉方式。
（三）、百分之二十的投票率門檻是否適當：
此外，關於投票率不足百分之二十是否即表示學生會會長直接選舉不具有民主正當性問題，本校前任校長孫震，曾就過去留學經驗，在文星論壇 109 期（民國 76 年 7 月 1 日出刊）的「感覺重於事實–台大校長孫震談學生運動」一文中指出：「據了解，美國進行普選的大學，投票率往往只有百分之二十，絕大多數的同學對是誰擔任學生代表漠不關心。」（第二一頁）如果此種說法屬實，則本次選舉投票率不足於百分之二十的現象，並不表示本校學生會會長選舉的民主正當性，低於美國進行普選之大學學生會的民主正當性。毋寧說過去投票率動輒超過百分之三十的現象，相較於美國大學而言係屬反常，目前的現象不過是回歸正常而已。因此，即使承認當投票率不足一定之數目時，得改採間接選舉的方式，然而此時投票率門檻之高度仍應適當。本席認為，若美國大學此種投票率常在百分之二十左右徘徊的現象，可認為係因學生自治之本質而導致的正常現象的話，即使同意在投票率不足門檻時可改採間接選舉，但百分之二十的門檻限制仍屬過高。